El proyecto de constituir un Instituto de Historia en el seno de la Universidad de Valladolid, acogiéndose a las posibilidades abiertas por la L.R.U., surgió entre 1987 y 1988, como consecuencia de las inquietudes científicas sentidas por varios profesores de las Áreas de Historia Moderna, Historia Medieval, Historia Contemporánea e Historia Económica. La idea central alrededor de la cual se vertebraban esas inquietudes era que, en el campo de la investigación histórica, nuestra Universidad cuenta con importantes ventajas con respecto a otras Universidades, que sería lamentable desaprovechar, especialmente en estos tiempos en que se tiende a potenciar la especialización de cada universidad en determinados estudios y áreas de conocimiento. Las ventajas con las que cuenta la investigación histórica en la Universidad de Valladolid se basan, esencialmente, en tres hechos: La cercanía de ambos archivos -y de forma especial, el de Simancas- ha sido, desde hace décadas, la razón de ser del desarrollo de los estudios históricos en la Universidad de Valladolid, de cuya nómina de profesores han formado parte personajes tan importantes en la historiografía contemporánea como los doctores Palacio Atard, Suárez Fernández, Pérez Villanueva, Enciso Recio, Ramos Pérez o Valdeón Baruque. Una serie de profesores pensaron que las circunstancias anteriormente expuestas hacían aconsejable la creación de un Instituto Universitario, especializado en el fomento, dirección y coordinación de la investigación histórica desarrollada en los diversos Departamentos. El proyecto, además, parecía factible desde el punto de vista administrativo, habida cuenta que el Rectorado acogió la idea con calor. El 18 de marzo de 1988, la Junta de Gobierno de la Universidad aprobaba la “Propuesta de creación del Instituto de Historia Simancas" que estaba firmada por los profesores Teófanes Egido López, Ángel García Sanz, Luis A. Ribot García y Mª Isabel del Val Valdivieso. Estos cuatro profesores fueron los designados por el Mgfco. y Excmo. Sr. Rector, D. Fernando Tejerina, para formar la Comisión Gestora que había de elaborar el Reglamento del Instituto. El 17 de marzo de 1989, la Junta de Gobierno de la Universidad aprobó el Reglamento del Instituto. A partir de entonces se inició el proceso de constitución de sus órganos de gestión y gobierno. La invitación cursada por la Comisión Gestora a los profesores e investigadores de la Universidad y al personal de los archivos vallisoletanos encontró una excelente acogida, ya que fueron 81 los profesores e investigadores de la Universidad -encuadrados en 11 Áreas de Conocimiento- y 11 los archiveros que manifestaron su deseo de pertenecer al Instituto y que fueron admitidos, efectivamente, como miembros del mismo. El 20 de marzo de 1990, la Comisión Gestora convocó a todos los miembros del Instituto en Asamblea General, a fin de constituirse como tal y designar a los miembros del Consejo del Instituto, el cual, a su vez, el 24 de abril, eligió como director al profesor Ángel García Sanz y como miembros del Comité Permanente a los profesores Pedro Carasa Soto, Juan Helguera Quijada, Luis A. Ribot García y Mª Isabel del Val Valdivieso, asumiendo la Secretaría del Instituto el profesor Teófanes Egido López. En noviembre de 1995 fue elegido director el profesor Luis Ribot, quien designó a la profesora Elena Maza como secretaria. A partir de ese momento, se impulsaron los trámites para obtener la deseada transformación en Instituto Universitario LRU, concedida por Decreto 181/1997 del 26 de septiembre, y publicada en el Boletín Oficial de Castilla y León del 29 de septiembre de 1997. En abril de 1999, y tras las nuevas elecciones para el Consejo del Instituto, fue reelegido como director el profesor Luis Ribot García quien designó a la profesora Elena Maza Zorrilla como secretaria. El nuevo Consejo inició la tarea de reformar el Reglamento del Instituto para adaptarlo a la transformación como Instituto L.R.U. El día 22 de febrero de 2000, la Junta de Gobierno aprobó el nuevo Reglamento, abriéndose a partir de ese momento un período para la actualización y revisión de sus miembros, que en ese momento eran 55 profesores e investigadores, 14 archiveros y 1 PAS laboral los que aceptaron pertenecer al Instituto. El 2 de marzo de 2001 se firmó un convenio de cooperación entre el CSIC y la Universidad de Valladolid para el reconocimiento del Instituto Universitario de Historia Simancas de dicha Universidad, como Unidad Asociada al CSIC. Por expreso deseo del Instituto de Historia de la Ciencia y de la Técnica (IHCYTE) de la Universidad de Valladolid, se produjo su integración en el Instituto de Historia Simancas por acuerdo de la Junta de Gobierno de la Universidad de Valladolid de 24 de julio de 2001. Esta integración se realizó respetando la Unidad Asociada que existía entre el IHCYTE y el Departamento de Historia de la Ciencia del Consejo Superior de Investigaciones Científicas desde el 7 julio de 1997 y que ha sido renovada en varias ocasiones siendo la última el 30 de septiembre de 2003. En el año 2002 se inició un nuevo proceso de renovación de los Órganos de Gobierno del Instituto. El 20 de febrero se realizaron las elecciones para formar el Consejo del Instituto, que una vez constituido, el 13 de marzo de 2002 designó como nuevo Director al profesor Julio Valdeón Baruque quien nombró como Secretaria a la profesora Elena Maza Zorrilla. Aprobados los nuevos Estatutos de la Universidad de Valladolid y con objeto de ajustarse a la nueva normativa sobre los órganos de gobierno colegiados y unipersonales se inició un nuevo proceso de renovación del Consejo del Instituto y designación de su Director. El 28 de mayo de 2004 se constituyó el nuevo Consejo que designó, el 17 de junio de 2004, como Director al profesor Julio Valdeón Baruque. El 5 de octubre de 2006 fue elegido nuevo director del Instituto, el profesor Alberto Marcos Martín, quien nombró como Secretaria a la profesora Elena Maza Zorrilla. El 22 de enero de 2008 se eligió nueva directora del Instituto, la profesora Mª Isabel del Val Valdivieso, quien nombró como Secretario al profesor Hilario Casado Alonso. El 18 de enero de 2017 fue elegido director del Instituto el profesor Adolfo Carrasco Martínez, quien nombró como secretaria a la profesora Olatz Villanueva Zubizarreta. El 7 de octubre de 2021 la profesora Concepción Porras Gil fue elegida directora del Instituto y nombró secretario al profesor Jorge Lafuente del Cano.